Überreste eines Wachtturmes und Münzen aus der Römerzeit sind Zeugen einer sehr alten Siedlung. Abgeleitet aus dem lateinischen Wort «rogus» - der Holzstoss, Scheiterhaufen - könnte die Ortsbezeichnung darauf hinweisen, dass im Altertum von dieser Anhöhe Feuer- und Rauchzeichen zur Verständigung aufstiegen. Urkundlich erstmals erwähnt, als Graf Rudolf von Thierstein am 11. Februar 1207 für 80 Mark Silber den ihm zustehenden Kirchensatz in Rokinberc und Kiffis an das im Jahre 1138 gegründete Kloster der Zisterzienserinnen in Kleinlützel (Klösterli) veräussert. Durch Kauf geht das Grundrecht 1454 von den Thiersteinern an den Bischof von Basel, Arnold von Rothberg, über und verbleibt bis zum Einmarsch der Franzosen im Besitz des Fürstbistums. Schon im Jahr der Ersterwähnung wird «Rocgenberg» von einem eigenen Geistlichen betreut. Ende des 12. Jahrhundert soll die romanische Kirche erbaut worden sein, die dann im 15. oder 16. Jahrhundert durch Feuer zerstört wird. Ihr Grundriss ist fast zentimetergenau identisch mit der im Jahre 1180 erbauten Klosterkirche von Kleinlützel (Klösterli). Die heutige, im Jahre 1635 erbaute Pfarrkirche steht unter Denkmalschutz. Aus der Kirchengeschichte ist ersichtlich, dass der Pfarrer gewöhnlich zwei Predigten hält, eine deutsch und eine französisch, da die Gottesdienstbesucher mehrheitlich französisch parlieren. Auch heute noch bildet Roggenburg mit dem jurassischen Ederswiler eine Kirchgemeinde. Bis zum Jahr 1802, als die französische Nachbargemeinde eine eigenständige Pfarrei gründet, gehört auch Kiffis zu diesem Kirchspiel. Gute Beziehungen untereinander pflegen die Bewohner dieser drei Gemeinden immer noch; verbindend ist sicher auch, dass ein ähnlich klingendes, elsässisches Idiom gesprochen wird. Zusammengekommen sind die Leute auch an Markttagen, hat doch Roggenburg 1716 die Bewilligung für die Durchführung eines Jahrmarkts erhalten und diesen auch noch im 19. Jahrhundert durchgeführt. Nach dem Einmarsch der Franzosen 1793 wird Roggenburg dem 84. Departement, Mont-Terrible, einverleibt. Durch Entscheid des Wiener Kongresses wird Roggenburg 1815 eidgenössisch und dem Kanton Bern zugeordnet. 1846, als das eigenständige Amt Laufen gebildet wird, verbleibt die Gemeinde beim Bezirk Delsberg. In Ausübung des Selbstbestimmungsrechts für den jurassischen Landesteil optiert die Gemeinde für den Anschluss an das Laufental, dem sie seit dem 1. Januar 1976 als 13. Gemeinde angehört. Ebenfalls in Anwendung des vorgenannten Volksrechts Übertritt in den Kanton Basel-Landschaft per 1. Januar 1994. Als zweite Laufentaler Gemeinde hat Roggenburg 1991 eine Feldregulierung begonnen.